01
Nature
2024/10/02
“LYCHOS is a human hybrid of a plant-like PIN transporter and a GPCR”
LYCHOS 是一种植物样PIN转运蛋白与G蛋白偶联受体（GPCR）结合的人的杂合体
溶酶体通过作为信号平台感知并响应营养物质和能量可用性的变化，在调节真核代谢和细胞生长中发挥关键作用。LYCHOS（GPR155）是一种溶酶体跨膜蛋白，作为胆固醇传感器，促进胆固醇依赖的雷帕霉素靶蛋白复合体1（mTORC1）的激活。然而，LYCHOS的组装与活性的结构基础仍不清楚。
来自澳大利亚的蒙纳士大学Andrew M. Ellisdon和Michelle L. Halls团队合作通过冷冻电镜解析了多个高分辨率的人类LYCHOS结构，揭示了由转运蛋白样结构域和G蛋白偶联受体（GPCR）结构域融合形成的同源二聚体跨膜组装。B2类GPCR结构域以apo状态被捕获，并与转运蛋白样结构域表面相结合，展示了GPCR作为较大跨膜组装中的一个结构域的罕见例子。胆固醇传感由位于GPCR和转运蛋白结构域之间的保守胆固醇结合基序介导。研究者发现LYCHOS的转运蛋白样结构域是植物PIN-FORMED（PIN）生长素转运蛋白家族的直系同源物，并且其结构与植物生长素转运蛋白相比，比已知的人类转运蛋白具有更大的结构相似性。活性实验支持这样一个模型，即LYCHOS的转运蛋白和GPCR结构域协同感知胆固醇并调节mTORC1的激活。
02
Science
本周无
03
Cell
2024/10/01
1.“Molecular basis of global promoter sensing and nucleosome capture by the SWR1 chromatin remodeler”
SWR1染色质重塑因子对全局启动子感知和核小体捕获的分子基础
SWR1染色质重塑复合体被招募到真核生物启动子转录起始位点下游的+1核小体上，在那里它将组蛋白H2A替换为特化的突变体H2A.Z。
来自美国约翰霍普金斯大学的Carl Wu和Robert K. Louder合作利用冷冻电镜（cryo-EM）解析了SWR1与游离DNA相互作用的结构基础，揭示了Swr1 ATP酶的独特开放构象，使其能够从可接近的DNA滑动到核小体。SWR1-核小体复合体的完整结构模型展示了Swc2和Swc3亚基在SWR1与核小体有序结合中的关键作用。此外，Swc3亚基内延伸的DNA结合α螺旋能够感知核小体连接区的长度，并且对SWR1启动子特异性招募和活性至关重要。此前未解析的N-SWR1亚复合体形成了灵活的延展结构，允许通过阅读域对乙酰化组蛋白尾部的多价识别，进一步将SWR1引导至+1核小体。总之，本研究结果提供了一种普遍适用的染色质和转录复合体启动子特异性靶向机制。
2024/10/01
2. “Diatom pyrenoids are encased in a protein shell that enables efficient CO2 fixation”
丙酮体是藻类叶绿体的亚隔室，能够提高由Rubisco驱动的CO2固定效率。硅藻能够固定多达全球20%的CO2，但它们的丙酮体仍然鲜为人知。在此，我们通过体内光交联技术鉴定了丙酮体壳（PyShell）蛋白，并将其定位于模式羽纹硅藻Phaeodactylum tricornutum和中心硅藻Thalassiosira pseudonana的丙酮体周围。原位冷冻电子断层扫描显示，这两种硅藻的丙酮体都被蛋白质鞘状结构包裹。
通过单颗粒冷冻电子显微镜，来自日本关西学院大学的Yusuke Matsuda以及瑞士巴塞尔大学的Benjamin D. Engel团队合作获得了体外TpPyShell1晶格的2.4埃分辨率结构，揭示了蛋白质亚基如何互锁。T. pseudonana的TpPyShell1/2敲除突变体没有PyShell鞘，丙酮体形态发生改变，表现出高CO2需求表型，并在标准大气条件下光合作用效率降低，生长受损。硅藻PyShell的结构和功能提供了CO2如何在海洋中被同化的分子视角，这是一个正在快速变化的关键生态系统。
2024/10/03
3. “Rift Valley fever virus coordinates the assembly of a programmable E3 ligase to promote viral replication”
裂谷热病毒协调组装一种可编程的E3连接酶，以促进病毒复制
病毒编码了一系列策略来降解细胞蛋白，以促进感染和致病过程。
来自中国科学院武汉病毒研究所的彭珂和曹晟团队合作揭示了裂谷热病毒的非结构蛋白NSs形成了一种丝状E3连接酶，从而有效触发目标蛋白的降解。通过体外重建和冷冻电镜分析，解析出2.9埃分辨率的结构，显示NSs形成右手螺旋纤维。NSs的丝状寡聚体与细胞FBXO3结合，形成重组的E3连接酶。NSs-FBXO3 E3连接酶通过NSs-P62相互作用靶向细胞TFIIH复合体，导致TFIIH复合体的泛素化和依赖蛋白酶体的降解。NSs-FBXO3引发的TFIIH复合体降解显著抑制了抗病毒免疫，并在体内促进了病毒的致病性。此外，研究还表明NSs可以被编程以靶向其他蛋白进行依赖蛋白酶体的降解，作为一种多功能的靶向蛋白降解剂。这些结果表明，一个毒力因子能够形成丝状且可编程的降解机制，诱导有组织的细胞蛋白降解，从而促进病毒感染。
2024.9.30~2024.10.06
子刊刊登文章
01
Cell Research
本周无
02
Molecular Cell
10.02
1.“Filament formation activates protease and ring nuclease activities of CRISPR Lon-SAVED”
丝状体的形成激活CRISPR Lon-SAVED的蛋白酶和环核酸酶活性
10.03
2.“Dual regulation of IP3 receptors by IP3 and PIP2 controls the transition from local to global Ca2+ signals”
IP3和PIP2对IP3受体的双重调节控制从局部到全局的Ca2+信号转换
10.04
3. “The structural landscape of Microprocessor-mediated processing of pri-let-7 miRNAs”
Microprocessor介导的pri-let-7 miRNAs加工的结构景观
03
Nature Structural & Molecular Biology
10.01
“Structure of Fanzor2 reveals insights into the evolution of the TnpB superfamily”
Fanzor2的结构揭示了TnpB超家族进化的见解
04
Nature Communications
9.30
1）“A structural rationale for reversible vs irreversible amyloid fibril formation from a single protein”
单一蛋白的可逆与不可逆淀粉样纤维形成的结构依据
10.01
2）“Integrative structural analysis of Pseudomonas phage DEV reveals a genome ejection motor”
假单胞菌噬菌体DEV的整合结构分析揭示其基因组喷射马达
10.01
3 )“Molecular architecture and functional dynamics of the pre-incision complex in nucleotide excision repair”
核苷酸切除修复中切割前复合物的分子结构和功能动态
10.01
4）“Cellular location shapes quaternary structure of enzymes”
细胞位置塑造酶的四级结构
10.01
5）“Cryo-EM structures of the human P2X1 receptor reveal subtype-specific architecture and antagonism by supramolecular ligand-binding”
人类P2X1受体的冷冻电镜结构揭示亚型特异性架构和超分子配体结合的拮抗作用
10.01
6）“Structure elucidation of a human melanocortin-4 receptor specific orthosteric nanobody agonist”
人类黑皮质素-4受体特异性正构纳米抗体激动剂的结构解析
10.01
7)“Cryo-EM structure of Alzheimer’s disease tau filaments with PET ligand MK-6240”
阿尔茨海默病中PET配体MK-6240结合的tau丝状体的冷冻电镜结构
10.01
8）“Structural basis of thiamine transport and drug recognition by SLC19A3”
SLC19A3的硫胺素运输和药物识别的结构基础
10.02
9.“De novo design of mini-protein binders broadly neutralizing Clostridioides difficile toxin B variants”
新设计的小蛋白结合剂广泛中和艰难梭菌毒素B变体
10.03
10.“Elucidating the molecular logic of a metabotropic glutamate receptor heterodimer”
代谢型谷氨酸受体异二聚体的分子逻辑解析
10.03
11.“Structural basis of α-latrotoxin transition to a cation-selective pore”
α-毒素向选择阳离子通道的转变的结构基础
10.04
12.“Tetramerization-dependent activation of the Sir2-associated short prokaryotic Argonaute immune system”
四聚化依赖的Sir2相关原核Argonaute免疫系统激活
10.04
13.“Self-assembling nanoparticle engineered from the ferritinophagy complex as a rabies virus vaccine candidate”
从铁蛋白自噬复合物工程化的自组装纳米粒子作为狂犬病毒疫苗候选物
10.04
14.“Platelet integrin αIIbβ3 plays a key role in a venous thrombogenesis mouse model”
血小板整合素αIIbβ3在静脉血栓形成小鼠模型中发挥关键作用
10.04
15.“Structural elucidation of recombinant Trichomonas vaginalis 20S proteasome bound to covalent inhibitors”
重组滴虫20S蛋白酶体结合共价抑制剂的结构解析
10.04
16.“Targeting a key protein-protein interaction surface on mitogen-activated protein kinases by a precision-guided warhead scaffold”
通过精确引导的骨架分子靶向丝裂原活化蛋白激酶的关键蛋白-蛋白相互作用表面
10.05
17.“Biofunctionalized dissolvable hydrogel microbeads enable efficient characterization of native protein complexes”
生物功能化的可溶解水凝胶微珠实现原生蛋白复合物的高效表征
10.05
18.“Cryo-EM investigation of ryanodine receptor type 3”
类型3的钙酚受体的冷冻电镜研究
05
Science Advances
10.04
1.“P2X7 receptors exhibit at least three modes of allosteric antagonism”
P2X7受体表现出至少三种别构拮抗模式
10.02
2.“Structural insights into phosphatidylethanolamine N-methyltransferase PmtA mediating bacterial phosphatidylcholine synthesis”
磷脂乙醇胺N-甲基转移酶PmtA介导细菌磷脂酰胆碱合成的结构洞察
