卢磊 博士

主要科研领域与方向

长期的研究目标是开发新的蛋白设计方法，实现高成功率人工蛋白酶等的设计，最终希望能够设计有应用价值的人工蛋白，用于创新治疗方法的开发。课题组同时开展计算方面与实验方面的课题，强调学科交叉与融合。主要研究大方向包括：

1. 从头设计药物、金属、聚糖、蛋白等结合蛋白

长期关注于蛋白结合各类分子的特性，利用数据库搜索的方法，结合新的蛋白设计工具，进行结合蛋白的设计与应用开发。

2. 蛋白酶从头设计的计算方法开发与应用

针对特定化学反应，从头设计蛋白酶，建立新的蛋白数据库，开发使用深度学习结合计算化学的方法，设计有应用价值的人工蛋白酶。

3. 蛋白质组学新技术、新算法开发

基于蛋白（酶）设计的蛋白质组学新技术开发，将用于限制性剪切组学、临近标记组学等，最终应用于新的药物筛选与疾病靶点发掘。

代表性论文

1.Lu L,  Gou X, Tan S, Man S, Yang H, Zhong X, Gazgalis D, Valdiviezo J, Jo H, Wu Y, Diolaiti M, Ashworth A, Polizzi N, & DeGrado W. (2024) De novo design of drug-binding proteins with predictable binding energy and specificity. Science, 384,106-112.

2.Lu L, Scalf M, Shortreed M, Smith L. (2021) Mesh fragmentation improves dissociation efficiency in top-down proteomics. Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 23;32(6):1319-25.

3.Lu L*,  Riley N*, Shortreed M, Bertozzi C & Smith L (2020). O-Pair Search with MetaMorpheus for O-glycopeptide Characterization. Nature Methods, 17, 1133-1138.

4.Lu L, Millikin R, Solntsev S, Rolfs Z, Scalf M, Shortreed M, & Smith L. (2018). Identification of MS-cleavable and noncleavable chemically cross-linked peptides with MetaMorpheus. Journal of Proteome Research, 17(7), 2370-2376.